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市场准入负面清单制度建立的目标是实现“一单尽列、全国统一”的整体性治理。国家以一张清单统一整合所有市场准入的禁止、许可事项，是我国对统一市场准入管理的一次前所未有的尝试。这次尝试有以下三个层面的意义：
实现一单列尽
在市场准入负面清单之前，国家有关市场准入的禁止或限制规定散诸于各个法律、文件规定中。对应地，各级政府部门“画地为牢”对各自管理领域进行准入的审批，部门间职责难免交叉、重叠，造成互相推诿扯皮。
同时这给市场主体带来诸多不便和困惑。一方面，市场主体在准入前要查阅各类法律法规、《产业结构调整指导目录》、《政府核准的投资项目目录》等等，非常不便。另一方面，散诸于各处的规定还往往相互矛盾，市场主体缺乏明确的“交通灯”、无所适从。
而在市场准入负面清单制度下，国务院以负面清单的形式明确列出在我国境内禁止和许可投资经营的行业、领域、业务等，将所有分散各处的禁止、许可事项在一张清单上集成。此外，为了做好制度的衔接工作，市场准入负面清单还将对行政审批事项清单、《产业结构调整指导目录》和《政府核准的投资项目目录》等目录的相关规定进行梳理，根据情况分类纳入禁止类清单和许可类清单之中。将我国所有市场准入领域的禁止类事项和许可类事项，按照国民经济行业分类列明。这样的列单方式做到了“一网打尽、一单列尽”，既清晰地表明了市场准入的“红线”所在，又明确地给市场主体点亮了“交通灯”。
同时，市场准入负面清单的“一网打尽、一单列尽”，对于各级政府部门而言，也将其相应的权责汇总列单，其中涉及到需部门间协作的事项也更清晰列举出来，有助于进一步提高政府部门间的协作效率。
实现全国统一
在市场准入负面清单制度下，市场准入负面清单由国务院统一制定发布，地方政府需进行调整的，由省级人民政府报经国务院批准。这使市场准入在全国范围内有了统一的标准。地方没有权限进行市场准入负面清单的制定工作，采用的蓝本都是全国统一的市场准入负面清单。这样市场准入的管理实现了在全国层面的统一，使全国范围内的市场准入有了统一的标准，这也是公平竞争市场环境形成的重要前提，也是落实《行政许可法》的必然要求。以市场准入负面清单为全国市场准入的统一标准，以此标准营造公平竞争环境和构建统一市场准入规则，有助于消除各地存在的形形色色的隐性壁垒，促进各类要素的有序自由流动。一方面，把市场准入负面清单作为构建市场准入秩序的重要基础制度，把抽象的市场准入要求转化为具体的文本，准确、高效传递准入规则信息，保障公平竞争。另一方面，作为我国加快政府职能转变、当好市场准入秩序裁判员的关键，市场准入负面清单的制定、调整、优化依赖市场主体和各级政府广泛参与和普遍认同，促使政府从单向管理变成社会共同治理。
但同时，为考虑各地实际情形之间的差异，也赋予地方政府经国务院同意后个别调整的权利。在清单中也设有“地方性许可措施”栏目，将各地依据地方实情确需保留的地方性市场准入管理措施列入清单。这样的考虑也保障了全国统一实现一张清单的可行性和科学性。
实现地位平等
以前，政府对市场主体的市场准入主要靠审批，如分为鼓励、限制、禁止等三类，对市场主体投资行为施以区别性的引导政策，导致各市场主体的待遇并不公平、甚至差别很大。主要表现在：一是民营企业能够进入的领域明显少于国有企业，而且民营企业能进入哪些领域以及一些具体要求，政府规定不详或者没有规定，导致了地方政府自由裁量权大；二是一些行业设定了较高的准入门槛，政府的审批程序较为复杂，甚至不透明，大大提高了中小企业进入这些行业的成本，使其很难进入这些行业。而市场准入负面清单制度，体现的是“非禁即入”的负面管理理念。这一理念背后，体现的是“公平”。实施市场准入负面清单制度是政府管理方式和理念的一个重大变革，将有利于营造一个公平的竞争环境，这体现在：
一是在清单面前，实现了“人人平等”，不搞特殊待遇。市场准入负面清单适用于各类市场主体基于自愿的初始投资、扩大投资、并购投资等投资经营行为及其他市场进入行为。对各类市场主体不搞特殊待遇，都要依据市场准入负面清单的分类情形，统一地做到：禁止准入事项，市场主体不得进入;许可准入事项，由市场主体提出申请，行政机关依法依规作出是否予以准入的决定，或由市场主体依照政府规定的准入条件和准入方式合规进入;负面清单以外的，各类市场主体皆可依法平等进入。
二是在清单以外的领域，做到了“英雄不问出处”。在市场准入负面清单制度下，清单以外各类市场主体皆可依法平等进入，各市场主体的准入标准是一致的，各类市场主体之间没有歧视。而且未来在市场准入负面清单制度的基础上，还将进一步“废除对非公有制经济各种形式的不合理规定，消除各种隐性壁垒，制定保障各类市场主体依法平等进入自然垄断、特许经营领域的具体办法”。
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